Модель заработала максимальную оценку по всем четырем критериям: безопасность взрослых и детей, работа вспомогательных систем безопасности, меры по защите пешеходов. Особенно эксперты выделили безопасность пассажирского салона. Высокие баллы новая Skoda Fabia набрала и за безопасность 18-месячных и трехлетних детей.
Таких результатов новой Skoda Fabia удалось добиться благодаря инновационным системам безопасности, которые раньше были доступны только для автомобилей более высокого класса. Так, в автомобиле используется доступная в качестве опции система Front Assistant, оборудованная встроенной функцией автоматического торможения перед препятствием Emergency Braking Function. Эта система использует радарный сенсор для постоянного измерения дистанции до впереди идущего автомобиля. Когда дистанция становится слишком незначительной, вспомогательная функция Front Assistant может либо подать предупреждающий сигнал, либо осуществить автоматическую аварийную остановку. Также новая Fabia впервые оснащена системой аварийного торможения Multi-Collision Brake, которая является частью системы Electronic Stability Control (ESC). Система Multi-Collision Brake снижает риск последующих столкновений, которые могут возникнуть в результате аварии.
Кроме того, впервые в качестве опции для автомобиля предлагается датчик определения усталости водителя (Driver Activity Assistant). Перечень других систем безопасности включает в себя систему ограничения скорости Speedlimiter, удержания автомобиля при спуске или подъеме (Hill-Hold Control), а также электронный датчик, определяющий давление в шинах.